Contamination microbienne.   Due à la contamination des animaux d'élevage, à un manque d'hygiène lors des différentes étapes de la transformation, de la distribution et de la consommation des denrées alimentaires. Nombre de cas (en 2001) : 559 foyers [6 675 personnes (dont 10 % hospitalisés, 4 ‰ †)] touchés par une toxi-infection alimentaire collective (Tiac) dont 197 foyers familiaux, 340 foyers en restauration collective. Agents identifiés (en %) : salmonelles 64, staphylocoques 15,8, clostridium 2,9, histamine 2,9, bacille 2,9, autres 10,3. Facteur de Tiac (en %) : contamination par l'environnement 55, matières 1^res contaminées 50, non-respect températures réglementaires 49, erreur préparation 46, délai important entre préparation et consommation 35.

Campylobactériose :  provoquée par des espèces bactériennes du genre Campylobacter. Aliments incriminés : volaille crue ou mal cuite, lait cru, eau de boisson. Troubles : douleurs abdominales, fièvre, nausées et diarrhée. Dans 2 à 10 % des cas, évolue vers arthrite réactionnelle ou troubles neurologiques. Infections imputables à des E. coli entérohémorragiques (provoquant des hémorragies intestinales) comme Escherichla coli 0157 : E. coli 0157 produit une shigatoxine puissante entraînant infections hémorragiques du côlon responsables de diarrhées et complications pouvant être mortelles ou laisser des séquelles graves (insuffisance rénale, troubles neurologiques). Aliments incriminés : bœuf, choux de Bruxelles, laitue et jus de fruits.

Choléra :  bactérie Vibrio cholerae. Divers aliments contaminés : eau, riz, végétaux, gruau de millet, différents poissons et fruits de mer. Symptômes : douleurs abdominales, vomissements, diarrhées aqueuses profuses pouvant entraîner une déshydratation grave et la mort. Pathologie rencontrée dans les zones géographiques à risques et essentiellement sur des populations dénutries.

Salmonellose :  maladie provoquée par les salmonelles (2 200 souches) principalement S. enteritidis. Contamination dans les intestins des animaux d'élevage, par voie ovarienne chez les volailles, propagation par les excréments, eaux superficielles, contacts. Provoque diarrhées, maux de tête, fièvre. Prophylaxie : hygiène, cuisson à plus de 56^o C pour la viande, œufs cuits durs, réfrigération des aliments cuits. Nombre de cas (2001) : 1 726 (enteritidis 993) dont 272 hospitalisés, 3 †. Aliments identifiés ou suspectés : œufs et dérivés 107, charcuterie 15, laitages 14, volailles 11, viandes 5, poissons et fruits de mer 3, coquillages 3, autres 3.

Listériose :  listeria monocytogenes : se développe à la température du réfrigérateur, survit à la congélation, détruite par la cuisson. Se trouve dans les fromages à pâte molle à base de lait cru (brie, camembert...), fromage vendu râpé, charcuterie cuite (rillettes, pâtés, produits en gelée...), aliments crus d'origine animale (viande hachée, poissons fumés, coquillage, surimi...), graines de soja crues. Se traduit par des infections du système nerveux ou des septicémies. Personnes à risques : femmes enceintes, sujets immunodéprimés (personnes transplantées, atteintes d'hémopathies, d'infection VIH ; de cancers solides ; diabétiques, alcooliques). Les enfants sont les moins atteints. Prophylaxie : cuire les aliments d'origine animale, enlever la croûte des fromages, laver soigneusement légumes et herbes aromatiques ; règles d'hygiène. Nombre de cas : 1980 : 1 000 ; 87 : vacherins suisses 25 † ; 92 : 279 dont 63 † ; 2000 : 261 ; 2001 : 186 (44 femmes enceintes, 13 avortements et décès de nouveau-nés).

Botulisme :  due à une toxine produite par un bacille anaérobie, Clostridium botulinum : spores résistantes à chaleur et antibiotique. Toxine produite après contamination de la viande surtout de porc, des charcuteries, du poisson, des conserves mal stérilisées. Induit troubles digestifs, oculaires, neurologiques (paralysies), respiratoires et sécheresse buccale. Prophylaxie : inactivation de la toxine par chauffage (environ 10 min à 100 ^oC), hygiène.

Contamination chimique.   Causes : résidus de pesticides, additifs à l'alimentation du bétail, médicaments vétérinaires, à métaux lourds, toxines naturelles, substances présentes dans les matériaux d'emballage ou au contact des aliments lors de la fabrication. Teneurs de la plupart des substances toxiques dans les denrées alimentaires réglementées. Cependant certaines substances s'accumulent dans la chaîne alimentaire et peuvent dans certaines situations aboutir à des concentrations nocives. 

Cadmium : peut entraîner des lésions rénales chez personnes âgées. DDT et pesticides liposolubles : s'accumulent dans les matières grasses (lait) et sont stockés dans le tissu adipeux en raison de leur forte persistance. 

Mercure : toxique sous la forme de méthyle mercure. Intoxications graves survenues avec du poisson contaminé (troubles neurologiques, 43 †, Minamata au Japon, 1956), des semences de blé et d'orge traitées au méthyle mercure (6 000 † au Pakistan, 1971 ; 300 † en Iraq, 1972). Taux maximal tolérable : fixé en France à 0,5 mg/kg dans le poisson (1 pour certaines espèces) ; l'apport alimentaire total en méthyle mercure ne doit pas dépasser 1,6 μg/kg poids corporel par semaine. Femmes enceintes et allaitantes et enfants en bas âge doivent modérer leur consommation de thon pour éviter une contamination au mercure.

 Plomb : intoxication (saturnisme professionnel et chez les enfants ingérant des écailles de peinture au plomb dans les logements insalubres). Contamination de l'homme par voie alimentaire : eau de boisson (teneur maximale en plomb : 25 μg/l), aliments d'origine végétale contaminés à partir du sol et des retombées atmosphériques, et aux aliments en contact avec le plomb lors des procédés de transformation et de stockage (cas du vin et de certaines conserves). Touche près de 8 500 enfants de 1 à 6 ans chaque année. La suppression du plomb de certains procédés technologiques, l'utilisation de l'essence sans plomb ont contribué à réduire les taux de contamination des denrées alimentaires. Apport alimentaire en plomb max. 25 μg/kg poids corporel par semaine. 

Pesticides : intoxications alimentaires dues à la contamination accidentelle de farine par de l'endrine et du parathion. Le ministère de l'Agriculture homologue les pesticides et fixe des conditions précises d'utilisation. Lavage, épluchage, grattage des légumes éliminent une grande partie des pesticides. 

Dioxines : contaminant liposoluble d'origine industrielle (diverses industries, incinérateurs) ou naturelle (feu de forêt), retrouvé principalement dans les matières grasses animales (lait, viande) mais qui peut aussi contaminer les végétaux par retombées atmosphériques. Groupes de molécules dont certaines sont cancérogènes. La dose journalière tolérable pour l'homme est de 3,33 pg TEQ (équivalent toxique)/kg poids corporel/jour (OMS). Dans le lait, limite maximale : 3pg TEQ/g matière grasse. 

Toxines naturelles : les aliments d'origine animale et végétale peuvent être contaminés par des toxines chimiques produites naturellement [exemple : certaines moisissures de graines, de fruits et des fruits amandes secrètent des mycotoxines toxiques à long terme (exemple : aflatoxines cancérigènes pour le foie, ochratoxine A responsable de néphropathie)]. Des glucosides cyanogènes sont présents dans des légumineuses (haricots de Java) et dans les amandes de fruits à noyaux (abricots, pêches, amandes amères). Des alcaloïdes comme la solanine se développent dans les pommes de terre mal conservées. Certaines espèces de poissons et de coquillages peuvent être contaminées par des toxines produites en mer par des algues et des bactéries. Effets : atteinte neurologique, paralysie, troubles digestifs.

Agents non conventionnels : exemple : prion. A l'origine de l'encéphalopathie spongiforme bovine (ESB ou maladie de la vache folle, 1986 en G.-B.) associé à la variante de la maladie de Creutzfeldt-Jakob chez l'homme (100 †). Origine : produits d'origine bovine contenant des tissus du système nerveux central.

Vins trafiqués : rajout immodéré de ferrocyanure (dans les vins autrichiens en 1985 : plusieurs †), glycérol, acide sulfurique, phosphorique ; addition de méthanol venant de la distillation de fibres ligneuses ou fabriqué à partir de dérivés de la houille pour augmenter le degré alcoolique (vins italiens en 1985-86 : plusieurs † en Italie).

Huiles frelatées : colza en Espagne (mai 1981) : 25 000 malades, 600 à 800 †.

Été 2003 : 39 521 contrôles effectués par la DGCCRF dans plus de 4 600 établissements. Règles d'étiquetage : 965 infractions ; information du consommateur sur le prix et les conditions de vente : 654 ; règles d'hygiène : 453 ; règles de température : 379.